De beroemdste kerk van Pisa is de kathedraal, die meteen naast de Scheve Toren staat. Net als vele andere kerken in de stad toont ook deze Duomo invlieden van de Arabische architectuur.
Kerken Pisa
Santa Maria Assunta Kathedraal (Duomo)
De Dom van Pisa bevindt zich, net als de meest belangrijke trekpleisters van de stad, aan het Piazza dei Miracoli. De officiële naam is Kathedraal van Santa Maria Assunta. De Duomo is in de 11e eeuw gebouwd. De enorme constructie moest aangeven hoe machtig de toenmalige Maritieme Republiek Pisa wel niet was.
San Giovanni Baptisterium
Het Baptisterium (officieel Battistero di San Giovanni) is het ronde gebouw op het Piazza dei Miracoli. Het in de 14e eeuw voltooide gebouw is beroemd vanwege de door de Pisani familie aangebrachte versieringen.
Santa Maria del Carmine Kerk
De Santa Maria del Carmine Kerk staat aan het gelijknamige plein langs de Corso Italia. De kerk is in de 14e eeuw gebouwd, maar werd twee eeuwen later geheel opnieuw ingericht. Een beroemd altaarstuk van de hand van Masaccio is nu verspreid over een aantal beroemde musea te zien.
San Domenico Kerk
De San Domenico Kerk stamt uit de 14e eeuw. Binnen de kerk zijn kunstwerken te zien van o.a. Giovanni Battista Tempesti. Het bijbehorende klooster is omgebouwd tot winkelruimte. Veel van de kunstwerken die zich ooit in de kerk bevonden zijn verhuisd naar het San Domenico Nuovo Klooster.
Santa Maria della Spina Kerk
De Santa Maria della Spina Kerk is een uitbundig versierde kerk langs de oever van de rivier de Arno. Het kleine kerkje valt een beetje uit de toon bij de omringende paleizen, die eenvoudig van contruktie en kleur zijn.